Несмотря на просьбы директора о снисхождении к «неумышленным погрешностям», Магницкий приказал подчиненному подать прошение об отставке, что тот и сделал 22 октября 1825 года. Уволенному директору удалось договориться о переводе в Тобольск, но начальство никак не давало добро – возможно, было не до того в год восстания декабристов.Без средств к существованию Мендлеевы застряли в Саратове аж до конца 1827 года. Главе семейства приходилось испытывать унижения. Новый директор карьерист Миллер требовал вернуть ему какие-то долги, жаловался, что Менделеев не сдает гимназический архив. Дело кончилось тем, что Миллер написал на Менделеева донос, обвинив в грубости (якобы тот «диким голосом» выставил его вон) и пьянстве. Менделеев попросил защиты у саратовского губернатора Алексея Панчулидзева. Немало крови попортил Ивану Павловичу присланный в Саратов Казанским университетом проверяющий Эрдман, который требовал разъяснений по каждой букве взаимных доносов. В итоге симпатии Эрдмана оказались на стороне Миллера. Авторы «Дела об увольнении» считают, что у лишенного высоких покровителей сына сельского священника Менделеева просто не было шансов стать примерным администратором в управленческой системе той эпохи. Ему это было не по силам из-за мягкости характера, природной доброты и перегруженности служебными делами. Два года семья Менделеевых терпела вынужденную ссылку и не могла покинуть Саратов до окончания проверки. Трагедия усугубилась тем, что в 1826 году в Саратове умерла старшая 14-летняя дочь Мария, скончалась любимая няня. Семья вернулась в Сибирь лишь к февралю 1828 года.
В письмах к родственникам Менделеевы называли саратовский период «временем несчастий наших», в котором они видели «горестей больше чем радостей». Возможно, именно поэтому в 1849 году, уже после смерти Ивана Павловича, его жена повезла младшего сына Дмитрия для продолжения учебы в Москву, а не в Казань. Еще слишком свежи были в памяти саратовские события.