Алексея Улюкаева задержали в ноябре 2016 года. Суд признал его виновным в получении взятки в 2 млн долларов за положительное заключение по сделке «Роснефти», приобретавшей акции компании «Башнефть». Прокурор требовал для бывшего министра 10 лет лишения свободы, суд отнял от этой цифры 2 года. Освободившемуся Улюкаеву запрещено занимать госдолжности, связанные с осуществлением «организационно-распорядительных и административных функций». Кроме того, суд назначил ему 130 млн рублей штрафа.Продать 50,08% акций «Башнефти» правительство РФ решило в январе 2016 года, в мае занимавший тогда пост премьера Дмитрий Медведев подписал соответствующее распоряжение, государство выходило из уставного капитала компании. Улюкаев сначала настаивал на том, что в приватизации «Башнефти» не могут участвовать другие госкомпании и требовал исключить «Роснефть» из числа претендентов на пакет. Но затем внезапно изменил свою позицию и одобрил сделку, 12 октября «Роснефть» выкупила акции за 329 млн рублей. Выводы следствия и суда о дальнейших событиях выглядят так: Улюкаев потребовал за свое содействие поощрения от главы "Роснефти" Игоря Сечина. В Москве, 14 ноября 2016 года состоялась встреча Улюкаева и Сечина в офисе "Роснефти" на Софийской набережной, где ему и были вручены деньги. Сразу после этого министра и задержали.
Сам Улюкаев вины не признал, произошедшее назвал провокацией. Он утверждал, что был уверен, что в сумке, полученной от Сечина, лежит вино, а не доллары. Речь шла о красном вине "Усадьба Дивноморское", которые глава "Роснефти" подарил Улюкаеву вместе с корзинкой с продуктами. Из оглашенной в Замоскворецком суде расшифровки беседы министра с главой "Роснефти" явствует, что тот вручил Улюкаеву некую "корзинку с колбасой".Известно, что заявление на Улюкаева в ФСБ написал генерал этой службы в отставке Олег Феоктистов, занимавший должность главы службы безопасности "Роснефти". В 2018 году по решению суда заявителю были возвращены те самые 2 млн долларов, фигурировавшие в деле как вещдок, писал Ъ. Тогда же был снят арест со счетов Улюкаева, чтобы он смог заплатить 130-миллионный штраф. Алексей Улюкаев - уроженец Москвы, окончил экономический факультет МГУ, защитил кандидатскую, имеет степень доктора экономики Университета Pierre-Mendes France (город Гренобль). Карьера Улюкаева начиналась с преподавательской работы, в 1982-1986 годах он был доцентом кафедры политэкономии Московского инженерно-строительного института, в 90-х занимал пост директора Института экономических проблем переходного периода Егора Гайдара, в 2000-2006 годах был профессором кафедры общей экономики Московского физико-технического института, в 2007-2010 году - завкафедрой финансов и кредита экономического факультета МГУ.
Член команды Егора Гайдара, в начале 90-х был экономическим советником правительства РФ, потом - помощником Егора Гайдара в период, когда тот был первым зампредом правительства. В 2000-2004 годах Алексей Улюкаев занимал пост первого замминистра финансов, им тогда был Алексей Кудрин. С 2004 по 2013 год Алексей Улюкаев становится первым замглавы Центробанка РФ, тогда эту должность занимал Сергей Игнатьев. Из ЦБ в июне 2013 года Улюкаев переходит в министерское кресло и занимает его вплоть до ареста в 2016 году.