Одновременно с заключением саратовского контракта подрядчик из Дагестана вынужден разбираться с судами в родном регионе и в Москве. К дагестанским контрактам «Мостоотряда-99» появились вопросы у налоговой. В марте этого года компания окончательно проиграла суд с МРИ ФНС по крупнейшим налогоплательщикам республики.Как следует из материалов дела, налоговикам не понравились отношения «Мостоотряда-99» с его подрядчиком ООО «Капводстрой». В декабре 2017 года, по итогам выездной проверки, в ходе которой ведомство изучало правильность исчисления и своевременность уплаты «Мостоотрядом-992 налогов за 2015 год, было вынесено решение о привлечении компании к ответственности за налоговое правонарушение. В результате строителям был начислен НДС на 46 млн рублей, 7 млн рублей налога на прибыль и еще 906,7 тысячи рублей НДФЛ. Кроме того, «Мостоотряд-99» оштрафовали на 9,2 млн рублей. Претензии налоговой состояли в том, что в «Капводстрое», вместе с которым «Мостоотряд-99» реконструировал водозабор канала имени Дзержинского, на момент выполнения работ официально числилось всего два сотрудника. Собственной техники у компании не имелось вообще. При этом в 2015 году «Мостоотряд-99» перечислил «Капводстрою» за работу 58,6 млн рублей. Основанием для применения к «Мостоотряду-99» таких санкций стало получение компанией 7,3 млн рублей налогового вычета. В суде она доказывала, что сама предоставила в распоряжение своего подрядчика всю необходимую спецтехнику, но этот довод был отклонен. Налоговая была уверена, что выполненные работы проводил кто угодно, но не «Капводстрой». В марте 2019 года «Мостоотряд-99» проиграл процесс и в апелляционной инстанции.
Сейчас строители активно участвуют в судебных процессах в качестве истца. Еще с декабря прошлого года арбитражный суд Москвы разбирает спор между «Мостоотрядом-99» и московской компанией ООО «Интэкс». Предметом спора является долг другой дочерней структуры «Суммы» - компании ООО «Стройновация». «Мостоотряд-99» уступил «Интэксу» право требования ее долгов, но оплаты так и не дождался. Размер иска составляет 119,5 млн рублей.В апреле этого года «Мостоотряд-99» выставил свои претензии и минпрому Дагестана, с которого требует 20,7 млн рублей. Каким образом министерство задолжало компании, пока неясно. Первые слушания по делу назначены на 27 мая.