Кононенко пришел в администрацию после отставки с поста главы района Дмитрия Тепина и работал, пока руководителем оставался Алексей Стрельников. Уволился Кононенко по собственному желанию 9 июня 2022 года вскоре после ухода в отставку самого Владимира Попеко. На тот момент районом уже руководил нынешний глава Дмитрий Плеханов.Микрорайон Энгельс-1, подведший чиновника под следствие, это Летный городок или Летка, самая проблемная часть Энгельса, перешедшая в муниципальное ведение от Минобороны РФ. Ветхих домов там масса, они составляют основную часть аварийного жилфонда, который следует расселять в первую очередь. Расследование уголовного дела в отношении экс-председателя комитета осуществлялось необычайно быстро. Обвинение чиновнику предъявили только 20 июня этого года. Такая поспешность, вероятнее всего, связана с критикой в адрес руководства СУ СКР со стороны главы Следственного комитета РФ Александра Бастрыкина. В первую очередь следователей упрекнули в волоките с уголовными делами. Первым из энгельсских чиновников под следствие угодил сам глава района Дмитрий Плеханов, которого тоже заподозрили в злоупотреблении полномочиями, но из-за служебного авто, по данным следствия, купленного через муниципальное предприятие для нужд главы. Плеханова задержали, но меру пресечения ему суд избирать не стал и чиновник остается на своем посту. Затем грянул скандал с землей для многодетных семей, которую, как оказалось, выделили в защитной зоне кладбища. Это тоже стало поводом для уголовного дела о злоупотреблении, но претензии были предъявлены к замглавы района, предположительно речь шла об Иване Козаченко.
Теперь разбирательства дошли до программы переселения. А по этому поводу у Энгельса тоже есть очень серьезный критик - спикер Госдумы Вячеслав Володин. Свои замечания он высказал зампреду правительства Павлу Мигачеву и районному главе Дмитрию Плеханову еще в начале года. На пять не учтенных вовремя домов в Летке Энгельсу потребовалось добавить в свою программу переселения еще 724,9 млн рублей. Соответствующие коррективы в документ спешно внесли в апреле, вскоре после критики от спикера.Недостающую сумму пришлось брать из областного бюджета. При том, что сама программа переселения граждан на 2022-2026 год в Энгельсе и так огромная, до указанных изменений она тянула на 2,2 млрд рублей, а освоить их собирались до конца 2023 года полностью. Муниципальной казне нерасторопность чиновников стоила всего 472 тысяч рублей.