По версии следствия, к роковой ошибке летчиков привела неправильная организация работы летного состава в целом. Прежде всего, как выяснилось в ходе следствия, "Саратовским авиалиниям" сильно не хватало летчиков. В 2017 году в компании работали не более 5-6 пилотов, способных управлять Ан-148, а по штату их должно было быть больше минимум втрое. Некомплект летного состава привел к тому, что действующих пилотов постоянно заставляли перерабатывать. Погибший при крушении Ан-148 командир экипажа Валерий Губанов налетывал по 280 лишних часов ежеквартально, это вдвое выше установленных Минтрансом РФ норм для пилота гражданской авиации - не более 90 часов в месяц.Просчеты имелись и в подготовке пилотов. Как показала экспертиза, проведенная специалистами АО «ЛИИ имени Громова», тренажеры Ан-148, на которых отрабатывали навыки погибшие пилоты, вообще не позволяли смоделировать действия экипажа при отказе датчиков воздушных сигналов или недостоверных показаниях скорости. Имитировать эту неисправность прямо запретил производитель, украинская корпорация "Антонов". То есть подготовить экипаж так, чтобы он мог безопасно управлять лайнерами, вообще не было возможности. Роковую роль в крушении 2018 года могла сыграть и спешка. Слишком поздно прибыв в Москву, командир Ан-148 был вынужден отказаться от обработки самолета противообледенительной жидкостью. Наконец, следствие полагает, что командира Валерия Губанова вообще нельзя было допускать к полетам, поскольку в ситуации стресса он был склонен к панике и ступору. Все это, считает следствие, должно было выявиться еще на этапе подготовки летчиков. Лайнеры Ан-148 на момент крушения в феврале 2018 года были самыми новыми самолетами "Саратовских авиалиний". Компания приобрела их в конце 2016 года, до того основной ее авиапарк составляли 8 самолетов Як-42 и взятые в лизинг 2 бразильских Embraer ERJ190. Лайнеры Ан-148 были разработаны на Украине, но выпускались они в РФ по лицензии, изготовителем выступало Воронежское самолетостроительное общество. Крушение Ан-148 обернулось для саратовского авиаперевозчика потерей лицензии, а уцелевшие лайнеры стали предметом судебных разбирательств. Авиакомпания "Россия", у которой они были взяты в аренду, требовала с компании огромную неустойку. В итоге суд уменьшил ее размеры впятеро. Оставшиеся лайнеры вернулись на завод в Воронеже. Недавно Мосгорсуд отказался изменять Сергею Янюшкину меру пресечения, предписывающую не покидать квартиру ночью. Свою вину бывший замгендиректора компании признал и дал подробные показания. Мера пресечения и для него, и для Юрия Костина избрана одинаковая - запрет определенных действий. Но Костин указал два законных адреса местонахождения, квартиру и дачу, а Янюшкин про дачу забыл и теперь попытался исправить это упущение, но суд вернул жалобу без рассмотрения.
В причинах катастрофы Ан-148 под Домодедово, названных МАК, прослеживается некоторое сходство с трагедией 2013 года, произошедшей в Казани с Boeing 737 авиакомпании "Татарстан". Лайнер разбился при попытке уйти на второй круг. Расследование выявило недостатки в подготовке экипажей, причем гораздо более серьезные, чем в случае с "Саратовскими авиалиниями". Также эксперты МАК заявили и о нарушениях режима труда и отдыха летного состава. Под уголовным делом по части 3 статьи 262 УК РФ оказались гендиректор компании Валерий Портнов и замдиректора летной службы Виктор Фомин. Но в январе 2020 года расследование прекратили в связи с истечением срока давности.