За время расследования фабула дела успела заметно поменяться. Изначально следствие считало, что Белозерцев получал взятки ради интересов «Биотэка» и получения им заказов на поставку лекарств в местные больницы, причем вознаграждение ему доставалось не только деньгами, но и предметами роскоши. К финалу следствия взяткой считались только золотые часы Breguet ценой 5,7 млн рублей.А вот Mercedes-Benz V 250d из дела исчез. Оказалось, что Белозерцев не фактический собственник машины, то есть имели место «услуги не имущественного характера». Зато денег в деле к финалу прибавилось. По мнению следствия, экс-губернатор получил от Шпигеля не только пакет с 20 млн рублей осенью 2020 года, но и 4 млн при встрече в Москве. Обвинение в незаконном хранении оружия строится на обнаруженном у Ивана Белозерцева при обыске пистолете Макарова и 96 патронов к нему. У кого чиновник его раздобыл, так и не удалось узнать. У пистолета оказался спиленным номер, а данных об оружии вообще не оказалось в картотеке МВД. Все фигуранты дела дожидались завершения расследования в СИЗО, добиться их перевода под домашний арест защите не удалось. Не повлияли на суд и заявления адвокатов Шпигеля о плохом состоянии здоровья бизнесмена. Адвокат бывшего губернатора Дарья Евмина считает, что обвинение ее подзащитному не основано на собранных доказательствах. Сам Белозерцев виновным себя не признает. По версии защиты, в пакете, переданном ему Шпигелем, были не деньги, а антикварная Библия. Но приобщать ее к делу как вещдок суд отказался.
Изначально Белозерцев давал другие показания, утверждая, что деньги получил на предвыборную кампанию. Из показаний самого Бориса Шпигеля следовало совсем иное: бизнесмен признал, что передал Белозерцеву деньги, но уверял, что это был подарок на строительство психоневрологического санатория. Впрочем, такое учреждение в Пензе не сооружается, есть лишь зона отдыха, ставшая коттеджным поселком.